Maakuntaohjelman toteuttamista rahoitetaan EU:n, valtion, kuntien, kuntayhtymien, tutkimus- ja koulutusorganisaatioiden, julkisen sektorin sekä yksityisten toimijoiden rahoituksella. EU:n rahoituskauden 2021-2027 ensimmäisiä rahoituspäätöksiä tehdään vuoden 2022 alusta. Vuosina 2022-2023 on käytettävissä sekä ohjelmakauden 2014-2020 rahoitusta että kyseisen kauden ohjelmiin lisättyä rahoitusta koronapandemian aiheuttaman kriisin vahinkojen korjaamiseen ja pohjan luomiselle vihreälle, digitaaliselle ja palautumiskykyä tukevalle elpymiselle.